商业地产回购协议到期后，双方可以考虑以下几种处理方式：

1. 续签协议：双方可以协商继续续签回购协议，延长合作期限。续签通常需要重新商定回购价格、期限和其他相关条款。

2. 收购：回购方有可能对商业地产产生兴趣，可以考虑以收购的方式取得所有权。这需要进行详细的商业谈判和尽职调查，以确定合理的收购价格和条件。

3. 转租：回购方也可以选择将商业地产转租给其他租户，以获取租金收入。这需要回购方寻找新的租户并与其达成租赁协议。

4. 出售：如回购方不再对商业地产感兴趣，他们可以选择将其出售给第三方。出售价格会受市场供需和商业地产的状况影响，因此需要进行详细的市场分析和评估。

5. 重新开发：回购方也可以考虑对商业地产进行重新开发，以提高其价值和利润。重新开发可能涉及建筑改造、扩建或改变用途等工程，需要进行详细的规划和预算。

无论选择何种方式，双方应当在回购协议到期前开始提前沟通和商议，以确保顺利的过渡和合作。合同到期前双方还可以协商延长合同期限或者进行其他相关调整，以适应双方的需求和利益。